Ein gesunder Darm ist entscheidend für das allgemeine Wohlbefinden. Das ist vor allem die Auffassung der Naturheilkunde. Neben der Verdauung spielt er eine Schlüsselrolle bei der Nährstoffaufnahme und der Regulation des Immunsystems. Die Auswirkungen gehen jedoch über das Verdauungssystem hinaus. Großteils neuere Forschungen, die den Kriterien der evidenzbasierten Medizin noch nicht voll genügen, zeigen, dass eine gestörte Darmgesundheit mit verschiedenen Erkrankungen wie Allergien, Autoimmunerkrankungen, entzündlichen Darmerkrankungen, Diabetes und neurologischen Störungen in Verbindung gebracht werden. Die Darm-Hirn-Achse beeinflusst aus dieser Sicht nicht nur die Stimmung, sondern wohl auch kognitive Funktionen. Daher ist die Pflege der Darmgesundheit nicht nur für die Verdauung wichtig, sondern kann auch einen breiten Einfluss auf die Gesundheit des gesamten Körpers haben. Auch schon im Säuglingsalter kann die mikrobiologische Therapie eingesetzt werden. ​

Auch die evidenzbasierte Medizin, landläufig Schulmedizin genannt, kennt die Darmsanierung, wendet sie aber im Vergleich zur Naturheilkunde nur sehr selten an. Oft, wenn praktisch das Kind bereits mit dem Bade ausgeschüttet wurde, beispielsweise nach einer hochdosierten Antibiotikatherapie, die die natürliche Darmflora zerstört hat. Manches von dem, was die Naturheilkunde der Darmsanierung zurechnet, ist noch nicht ausreichend wissenschaftlich erforscht, da bewegen wir uns auf dem Boden der Beobachtungen und logischen Hypothesen, aber unser gefestigtes Wissen nimmt zu.